竪穴式住居は、まず地表面を直径４～６ｍ程度の円形や方形に掘りくぼめ、その内側に数本の柱を立てたものが基本的な構造です。柱の上にケタを渡し、さらにタルキを放射状にたてかけたりして屋根の下地とし、その上にカヤなどで屋根をふきました。
その竪穴の床面中央付近には煮炊きしたり、暖をとったりするための炉を設け、床には敷物を敷いていたと思われます。

　加曽利南貝塚の東側には、縄文時代中期後半（加曽利Ｅ式期）の復原集落があります。